Muchos años antes de la llegada de los españoles al territorio que actualmente ocupa la provincia de Rioja, se habían establecidos en pequeños núcleos aborígenes. El desarrollo progresivo de estos grupos humanos y de su economía basada en la caza, la pesca y una agricultura privativa, hizo cambiar la estructura de su sociedad. Las tribus que habitaron la zona fueron los Uquihuas y Chepenes (actualmente extinguidas). Estas tribus estaban dispersas en las zonas de Yorongos, Iranari, Uquihua, Nijaque, Toé, Avisados, Soritor y Yantaló. De esa época sobreviven algunos apellidos como Aspajo, Lavi, Chanzapa, Labajos, Malapi, Cahuaza, entre otros.

Rioja, fue fundada, el 22 de septiembre de 1772, por don Felix de la Rosa Reategui y Gaviria, tras la llegada del Obispo de Trujillo Baltasar Jaime Martínez de Compañón y Bujanda y del Corregidor Mayor Don Juan José Martínez de Pinillos. Se puso el nombre de Santo Toribio de la Nueva Rioja en honor al primer misionero católico que visitó estas tierras y al lugar de nacimiento del Corregidor. Antes de la llegada de los españoles, esta zona estuvo habitada por varias comunidades indígenas, entre ellas: Uquihua, Toé, Iranari, Avisado, Illivalle, Soritor y Yantaló.

En Rioja tuvieron lugar varias batallas en busca de la consolidación de la independencia de Maynas: El 4 de septiembre de 1822, las tropas patriotas, dirigidas por el Teniente Coronel Nicolás Arriola, parten de Chachapoyas con dirección a Moyobamba. A su paso por Rioja, libran tres batallas: Batalla de la Ventana, de Tambo del Visitador y de Rioja. Vencedores los patriotas avanzan, con el apoyo de muchos riojanos, hacia el pueblo de La Habana, donde se libra la Batalla de La Habana; con la cual se logra vencer definitivamente a los españoles, proclamándose la independencia de Maynas el 25 de septiembre de 1822.

Por Ley Nº 8142 del año 1935, se crea la Provincia de Rioja, contando en aquel entonces solo con 4 distritos: Rioja, Pósic, Yorongos y Yuracyacu. Posteriormente tras la apertura de la Carretera Marginal, se forman nuevas poblaciones, creándose entonces cinco distritos más: Pardo Miguel, Nueva Cajamarca, Elías Soplín Vargas, San Fernando y Awajún; determinando así su actual distribución política.

La Provincia de Rioja es la puerta de entrada a la amazonía, dada su privilegiada geografía, podemos encontrar desde Cataratas, Cavernas, Nacientes de Ríos hasta los pantanos más altos de la selva peruana, también llamados Bosques de Aguajales y Renacales.

La pujante provincia de Rioja tiene como principales actividades a la agricultura, el turismo y la ganadería. Actualmente dado el crecimiento económico del País se observa mayor flujo comercial y nuevas inversiones.